Le nouveau Code du travail a renforcé les pouvoirs des syndicats, qui constituent théoriquement un contre-pouvoir à la direction des entreprises. Les syndicats ont le droit de demander des informations sur les performances et les perspectives de l'entreprise. Ils peuvent émettre des avis sur la gestion de l'entreprise, mais seulement si un accord en ce sens a été conclu entre le syndicat et le management.

Les syndicats, représentés par la Confédération des syndicats slovaques (KOZ SR), sont également un des trois piliers des accords "tri-parties", avec le Gouvernement et les associations d'employeurs. Ils sont influents pour la négociation des salaires au niveau sectoriel, mais peu au niveau de l'entreprise. Avec le nouveau code du travail, la négociation collective s'est libéralisée, les partenaires sociaux pouvant désormais décider de négocier dans les domaines de leur choix. Le principal accord en 2002 eut lieu dans le service public.

Traditionnellement, les syndicats s'opposent rarement aux réductions d'emplois nécessaires aux restructurations des entreprises, mais une tendance plus radicale et plus politisée est en train d'émerger. Aucune grève n'a été officiellement recensée en 2001 et 2002, mais des mouvements sociaux ont eu lieu en 2003. Les problèmes sociaux sont en général résolus par la médiation entre les partenaires, ou à défaut par un arbitrage.

La popularité des syndicats diminue. 35 % des employés slovaques sont syndiqués, 90 % d'entre eux étant rattachés à la Confédération des syndicats slovaques (KOZ SR). Environ la moitié de la main-d'œuvre slovaque est touchée par des accords collectifs.

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