La structure économique de l'Estonie est dominée par le secteur des services, en particulier le transport, le commerce et le tourisme. En ce qui concerne le secteur bancaire financier, 95 % des transactions commerciales utilisent des moyens modernes de paiement. Au total, le secteur des services contribue à plus de deux tiers du PIB national. Si l'agriculture a considérablement décliné, l'industrie reste quant à elle diversifiée autour de quelques secteurs porteurs tels que la sous-traitance électronique et des télécommunications ou les activités liées à l'exploitation du bois et des ressources naturelles.

L'économie parallèle est estimée à 10 % à 20 % du PIB, soit un chiffre significativement meilleur que dans les autres pays d'Europe centrale et orientale.