Au moment de l'implosion de la Yougoslavie en 1991, la Bosnie-Herzégovine est constituée de trois groupes ethniques différents et aux revendications antinomiques. Les Musulmans demandent la constitution d’un Etat indépendant, les Serbes veulent rester au sein de la fédération Yougoslave, tandis que les Croates souhaitent la quitter.

A la suite d'un référendum boycotté par une partie des Serbes, la Bosnie-Herzégovine déclare son indépendance en mars 1992, laquelle est reconnue par les Etats-Unis en avril et par les Nations Unies en mai. Mais dès avril, les Serbes choisissent de maintenir la Bosnie-Herzégovine au sein de la Fédération yougoslave par les armes. La guerre civile fera près de trois cent mille morts et plus d'un million trois cent mille réfugiés. L’OTAN prend position dans la guerre en février 1994.

Les accords de Dayton, signes le 21 novembre 1995, et ratifiés un mois plus tard a Paris décident la partition de la Bosnie-Herzégovine en deux entités confédérées, la fédération croato-musulmane et la République serbe. En pratique, la situation reste tendue et le pays divisé selon des facteurs ethniques.