A la suite de la déclaration de l'indépendance en 1991, les autorités azéries mettent fin au statut d'autonomie dont bénéficiait le Nagornyï-Karabakh depuis 1923. Le conflit armé avec l'Arménie qui s'en suit se solde par une suite d'échecs cinglants pour l'Azerbaïdjan. L'ancien dirigeant communiste Ayaz Moutalibov démissionne, ce qui permet à l'opposition nationaliste d'accéder au pouvoir en 1992 avec Aboulfaz Eltchibey, et Chef du Front populaire, qui est élu Président au suffrage universel.

Mais le dissident soviétique ne parvient pas à enrayer les graves difficultés que connaît le pays. L'économie est désorganisée, les troubles sociaux sont nombreux et les réfugiés en provenance d'Arménie affluent. Une courte guerre civile éclate et le Président Eltchibey est destitué par référendum et doit s'enfuir.

Les communistes reprennent le pouvoir et Gueïdar Aliyev devient Président de la République. Homme de poigne de par son passé de cadre supérieur dans le KGB, il décide de se rallier à la CEI afin de rompre l'isolement du pays. A la suite d’une tentative manquée de putsch en 1994 lors de la quelle les rebelles prorusses prennent Gandja et exécutent Afyettin Djalilov, le vice-président du Parlement, l’état d’urgence est instauré. Tous les partis d’opposition sont interdits. Un nouveau coup d’état, pro-Turc cette fois, échoue en 1995 et donne lieu à des affrontements violents.

En 1998, Gueïdar Aliyev est réélu avec 76 % des suffrages lors d’un scrutin boycotté par les partis d’opposition. En 2003, Ilham Aliyev, le fils de Heydar Aliyev, est élu président.